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技术|制备w88优德体育手机app登录:抗体时抗原的选择

浏览次数:54      日期:2021-04-12 10:36:44

 
一天之计在于晨,一年之计在于春。那么制备一个w88优德体育手机app登录:抗体,抗原的设计和表达系统的选择则至关重要,可以毫不夸张的说,设计出一个好的抗原对于制备一个高质量w88优德体育手机app登录:抗体来说就是成功了一大半。
 
设计抗原时,对抗原的结构分析、B细胞表位预测尤其重要。
 
 
抗原的结构分析
 
不同的【优德线上娱乐场】蛋白类型,选择的方法需要多样性。大部分情况下,【优德线上娱乐场】蛋白C端的亲水性、表面可及性和柔性都相对N端较好。【优德线上娱乐场】蛋白的二级结构也是预测B细胞表位重要参数之一,β转角为凸出结构,多出现在【优德线上娱乐场】蛋白质抗原表面,有利于与w88优德体育手机app登录:抗体结合,较可能成为抗原表位。而α螺旋和β折叠结构规则不易变形,较难结合w88优德体育手机app登录:抗体,一般不作为抗原表位。含有5个以上的氨基酸残基的转角又常称为环(loop)。以往的研究表明,【优德线上娱乐场】蛋白表面的loop区可能为功能性w88优德体育手机app登录:抗体的识别位点,特异性好,可及性强。
 
 
Uniprot数据库和CBS服务器(http://www.cbs.dtu.dk/)预测信号肽、跨膜、表位等结构;EX-PASY服务器(http://www.expasy.org/tools)上的GOR4、HNN、SOPMA、nnPredict等方法。亲水性、柔韧性、表面可能性、抗原表位预测、α螺旋和β折叠可以应用DNAstar软件预测,同时可以结合Uniprot数据中的【优德线上娱乐场】蛋白结构分析。MOE软件也可以预测【优德线上娱乐场】蛋白的结构,同时MOE软件可以从多个角度分析【优德线上娱乐场】蛋白的结构特性。
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B细胞表位预测的方法及应用
 
线性表位的预测方法: B细胞表位的预测方法主要集中于线性表位,大量的预测B细胞表位的算法都是基于【优德线上娱乐场】蛋白质序列。这些算法包括:【优德线上娱乐场】蛋白质的亲水性算法、可及性算法、【优德线上娱乐场】蛋白质可塑性算法、【优德线上娱乐场】蛋白质二级结构预测算法、【优德线上娱乐场】蛋白质抗原性算法。这些方法的代表软件有PEOPLE、PREDITOP、BEPITOPE、Bcepred、ABCpred、BepiPred、APP等。
 
构象表位的预测方法:绝大多数B细胞表位预测方法都是基于【优德线上娱乐场】蛋白质的一级或二级结构的,但这些方法只能用来预测由连续的氨基酸残基构成的线性表位,而基于【优德线上娱乐场】蛋白质的三级结构来预测构象表位的方法比较少,这是因为各种抗原的构象表位可获得的数据要远远少于线性表位。 
 
基于【优德线上娱乐场】蛋白质三级结构来预测构象表位的方法CEP:这是第一个以抗原【优德线上娱乐场】蛋白的三级结构PDB文件作为输入条件,以构象性表位预测为主要目的的网上免费服务软件。由于抗原w88优德体育手机app登录:抗体之间的相互作用属于【优德线上娱乐场】蛋白质与【优德线上娱乐场】蛋白质之间相互作用中的一种,因此,可以参这些方法来预测B细胞表位。
 
分子对接:主要用来研究分子间的相互作用与识别,进而预测复合物结构。常用的分子对接软件有ZDOCK、DOT、DOCK、ClusPro等。
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抗原的表达系统的选择
 
通过对抗原的结构和B细胞表位分析预测后,然后再结合w88优德体育手机app登录:抗体的使用要求,进行选择适当的区间以及表达系统进行抗原表达纯化。
 
针对于简单的应用WB\IHC\IF\IP这类的检测应用型的w88优德体育手机app登录:抗体,我们推荐的是【优德线上娱乐场】蛋白的成熟的非跨膜区间,表达系统可以选择大肠、酵母这种成功率高、经济成本相对于较低的【优德线上娱乐场】蛋白表达系统,w88优德体育手机app登录:抗体的类型可以选择多抗和单抗。同时,这类型的w88优德体育手机app登录:抗体还可以选择直接合成多肽偶联载体后作为抗原,进行免疫动物。
 
如果是正对与IF、FC、细胞、w88优德体育手机app登录:抗体结合等实验的话,我们推荐的【优德线上娱乐场】蛋白是全长的或者成熟的跨膜和非跨膜区间,表达系统主要选择无细胞、哺乳、酵母这类具有【优德线上娱乐场】蛋白活性或者能表达出全长的表达系统进行表达【优德线上娱乐场】蛋白,对应的w88优德体育手机app登录:抗体类型主要选择单抗和基因工程w88优德体育手机app登录:抗体。
 

 
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武汉华美生物的w88优德体育手机app登录:抗体产品和定制w88优德体育手机app登录:抗体都是从w88优德体育手机app登录:抗体的目的出发,选择最佳抗原区间设计和载体,结合经济、时间、w88优德体育手机app登录:抗体应该选择最适合的【优德线上娱乐场】蛋白表达系统来表达纯化抗原,制备w88优德体育手机app登录:抗体。
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各种分析网站一览
 
https://psort.hgc.jp/form2.html  亚细胞定位分析
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-4.0/   信号肽分析
http://www.enzim.hu/hmmtop/html/adv_submit.html  跨膜分析
https://ihg.gsf.de/ihg/mitoprot.html  线粒体转运肽分析
http://nls-mapper.iab.keio.ac.jp/cgi-bin/NLS_Mapper_form.cgi  核定位分析
http://www.proteinatlas.org/  表达预测(人种属)
https://bgee.org/?page=gene  表达丰度预测
http://old.protein.bio.unipd.it/espritz/  结构无序性分析
https://swissmodel.expasy.org/  三级结构预测
http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/  糖基化修饰预测分析
https://www.ebi.ac.uk/interpro/  功能预测分析
 
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